Háskóli Íslands

Roð- og uggarot í íslensku fiskeldi – vaxandi vandamál

Lokaverkefni: 

Tail and fin rot bacteria in Icelandic aquaculture. Diversity and genetic analysis

Sporð- og uggarots bakteríur í íslensku fiskeldi. Fjölbreytileiki og erfðatæknileg greining

 

Meistaranemi: Guðbjörg Guttormsdóttir

Umsjónakennari: Árni Kristmundsson

Leiðbeinandi: Þorbjörg Einarsdóttir

Þriðji nefndarmaður: Gunnsteinn Ægir Haraldsson, Fræðimaður við Heilbrigðisvísindasvið HÍ.

Nám hófst september 2014

Roð- og uggarot er af völdum roðrotsbaktería. Roðrotsbakteríur geta valdið ytri einkennum á roði og uggum fiska eins og blæðingu, sárum og roti. Frá árinu 2012 hefur nýsmitum fiska með roð- og uggarot fjölgað á Íslandi en greiningarnar voru þó ekki gerðar með sameindalíffræðilegum aðferðum. Sameindalíffræðilegar greiningaraðferðir hafa verið settar upp fyrir nokkrar algengar roðrotsbakteríur. Þær bakteríur kallast Flavobacterium psychrophilum, Flavobacterium columnaris, Tenacibaculum soleae og Tenacibaculum maritimum. 

 Tilgangur verkefnisins er að einangra sjúkdómsvaldandi bakteríutegundir sem herja á eldisfisk og valda roð- og uggaroti. Fyrsta markmið verkefnisins verður að safna efnivið til rannsóknar. Það verða nokkrar tegundir eldis- og villifiska, auk þess sem fegnir verða viðmiðunarstofnar valinna bakteríutegunda sem einangrast hafa erlendis. Eldisfiskur með sjúkdómseinkenni verður sendur til Keldna til greiningar og einnig verður farið í sýnatökuleiðangur á rannsóknarskipi Hafrannsóknarstofnunar til að fá sýni úr villtum þorskseiðum. Annað markmið verkefnisins verður að tegundagreina bakteríur með sameindalíffræðilegum aðferðum. Fyrst verða erfðaefni bakteríustofnanna magnaðir upp með Polymerase chain reaction (PCR) út frá bestu erfðavísum og bestu skylirðum (s.s. hiti CT-gildi). Ásamt PCR greinigu verður einnig notast við raðgreininu á 16s rRNA geni baktería við tegundagreiningu. Að lokum verður kannað hver séu bestu vaxtarskilyrði bakteríustofna til ræktunar. 

 Upplýsingar um stofnbreytileika sem safnast útfrá markmiðum verkefnisins munu hjálpa okkur að setja upp vinnuferli sem lítur að því að kanna uppruna sjúkdómsvaldandi bakteríustofna og rekja smitleiðir. 

--------

Emerging disease in Icelandic aquaculture

M.Sc. project of Guðbjörg Guttormsdóttir

Started September 2014

Bacteria causing lesions on skin and fins of fish have been found in Iceland. An increase of new infections since 2012 led to the development of setting up a method of analysis in of few common skin and fin lesion bacteria. These bacteria are:  Flavobacterium psychrophilum, Flavobacterium columnaris, Tenacibaculum soleae and Tenacibaculum maritimum. 

 The purpose of this research is to isolate pathogenic bacteria that infect cultured fish and cause skin and fin lesions. The first aim of the project is to collect material for research. The collection of specimen will be both cultured and wild fish with skin lesions as well as selected reference strains that have been isolated from fish abroad. Diseased cultured fish will be sent to Keldur for diagnosis and wild fish will be collected on a field trip with The marine research institute of Iceland. The second aim of the project is to isolate bacterial strains and analyze species with methods of molecular biology. Polymerase chain reaction (PCR) will be used as well as DNA sequencing of the 16s rRNA gene for analyzing species of infectious bacteria. 

 Lastly the ideal conditions of growth will be studied. 

 

Þú ert að nota: brimir.rhi.hi.is